这多数是因为知识产权的技术含量不高。目前，实用新型专利获得授权的周期大概为 7-14个月，而发明专利获得授权的周期则更长，往往需要 1年半到 3 年。大多数知识产权数量不够、同时又急于申报高企的企业，通常会选择最快捷的办法——申请软著来保证“拥有自主知识产权”项的分数。这种情况下，企业纯粹是为了申报高企而申请软著，将导致知识产权关联性低，甚至软著与研发项目和产品的关键技术完全不搭界，张冠李戴，从而促使企业的知识产权评分不高。
还有就涉及到了科技成果与产品关联性低的问题，对于企业来说，成果转化多多益善固然是好，但还是应注重成果与产品之间的关联以及有效转化。技术成果是什么?是怎样转化的?应用于哪个产品中?应用的效果如何?是否产生了收益?这些问题都是企业需要详尽描述的要点，部分企业“强行转化”，知识产权跟项目和产品严重不匹配，技术成果与产品几乎无关联，那必将会影响到科技成果转化的评分。
在人事、财务等管理制度上如若存在漏洞，也将会导致扣分。《工作指引》中加强了企业对社保人员的检查力度，尤其是乡镇型科技企业，而不少新成立的公司为了节省费用，没有为核心创业人员甚至初创团队的员工缴纳社保，而是将钱省下来用于产品研发、生产、销售，从而导致扣分。
对于中小型企业和初次申报的企业来说，往往是因为由于团队对具体政策和申报过程不够透彻以及编写申报材料经验不足，不清楚材料具体应该怎么准备，也常常会导致扣分现象。
事实上，高新技术企业认定失败的原因还有很多，需要企业做好战略规划和充分准备才能提高效率。
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