一、资料缺失
（1）2019、2020、2021年企业所得税申报表缺失；
（2）2019年的审计报告是2022年出具，且2019年企业所得税纳税申报表无稅务部门的公章，无法判断企业财务资料的真实性；
（3）2019、2020和2021年审计报告无报备二维码；
（4）审计报告缺失注册会计师私章，不符合高新技术企业认定要求；
（5）年度企业所得税串报表缺失收入、成本、期间费用表，不符合高新技术企业认定条件；
（6）财务审计报告缺少财务情况说明书，纳税申报表为手工填写，非电子稅务局系統下载，无稅务局公章。
二、资料错误
（1）2019-2021年纳税申报表该企业提供错误为增值税申报表；
（2）提供的年度企业所得税申报表设有密码，无法打开，导致无法评审，不符合认定高新技术企业标准。
三、资料存在造假
（1）企业提供的发明专利证明文件与国家知识产权局官方文件不一致，疑似造假；
（2）专利证书造假，不符合国家高新企业认定标准；
（3）企业提交的材料和几家企业高度雷同，财务资料真实性无法证实，存在造假嫌疑，建议进一步核查。
四、资料不合规
（1）企业年审报告为初稿，无会计事务所公章，无注册会计师签宇，且未能提供备案证明，属无效报告；相关财务数据无法确认，不符合高新技术企业认定条件；
（2）企业提交的资料不符合要求，具体原因是审计中介机构资质不符合要求；
（3）《高新技木产品收入鉴证报告》的鉴证报告意见不符合要求，具体为高新收入报告意见为三年研发费用的意见。
五、财务数据不一致
（1）企业所得税纳税申报表中的期间费用明细表的研究费用与当年财务审计报告审定的研发费用不一致；
（2）企业纳税申报表中 《期间费用明细表》研发费用均为0，与审计报告不一致，与研发费用专项审计报告中对应金额不一致，不符合高新技术企业认定要求；
（3）三年的审计收入数据与纳税申报表差异巨大，无法确定数据真实性；
（4）财务审计报告中的净资产数与高新技术企业认定表中的净资产数据严重不符，且销售收入的填报数与审计报告和企业所得稅内税申报表的数据不符，无法判断企业财务数据的真实情况；
（5）资本公积增加未做说明，不符合国家高新企业认定标准；
要想确保高新技术企业申报认定不丢分，就要立足于企业本身经营及产品，从管理方面入手，不得随便编制材料，引起评审专家的怀疑。
六、产品销售与发票开具问题
（1）发票不开具高新产品名称，销售收入归集难：高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应销售收入难以鉴别是否属于高新产品
（2）发票、销售明细账上货物名称难确定是否是高新产品：部分化工企业申报产品使用专用术名，企业发票、明细账使用通用名，难确定两者是否一致
（3）销售收入数据不准确：部分企业申报资料中的高新产品销售收入与纳税收入日常申报资料数据不一致。
七、核心自主知识产权问题
（1）专利为实用新型或外观设计专利，未发挥核心支持作用的专利，技术含金量不高，无法取得高分甚至会不得分；
（2）专利取得为外购或者权利转让，部分企业不经过消化吸收直接应用生产，缺乏研发过程。
八、企业人员问题
（1）科技人员工作时间难确定：企业联合外地科研单位外聘科研人员时，难以判断外聘人员能否符合到岗183天的时间要求；
（2）研发人员身份难确认：企业申报材料中有研发人员同时兼管理人员，此类人员是否参与研发活动或是否具备科研技能；
（3）企业研发人员比例不准确：部分企业申报高新技术企业时，瞒报少报生产人员总数，以求研发人员比例达到标准。
（4）考核时参考具有时间标记的证明材料以及缴纳社会保险费来鉴别；
（5）企业职工总数包括企业在职、兼职和临时聘用人员（满183天以上）
（6）月平均数＝（月初数＋月末数）÷2
（7）全年月平均数＝全年各月平均数之和÷12
九、企业申报的领域问题
（1）企业填报申报高新技术企业系统时，在选择《国家重点支持的高新技术领域》时，技术领域选择错误。
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